遅ればせながら、MT3.2の新機能のStyleCatcher pluginを使ってみました。
ちょうど、MT3.2用のbeta.HINAGATAも公開されていることから、サイトトップをbeta.HINAGATAに乗り換えてみることにしました。（これまでサイトトップで使っていたテンプレートもHINAGATAだったので。。。）
理解するのに丸１日かかりました。
beta.HINAGATAのサイトには詳しい手順が掲載されてますが、これがどうして、うまくいきません。
style-site.cssからbase-weblog.cssとh3l-default.cssを呼んでいるところを確認したり、
default_templatesを確認したり、とあちこち見ているうちに、大体の構造が解ってきましたが、
理解するのに丸一日かかりました。。。
結局、理由はよくわからないのですが、default_templateがうまく反映されない
テンプレート（individual_entry_archive.tmplなど）がいくつかあり、
それらを手動で書き直したら、動くようになりました。